Penggunaan pestisida pertanian berpotensi menimbulkan dampak negatif bagi pengguna, konsumen, lingkungan, serta dampak sosial ekonomi. Oleh karena itu, penggunaan pestisida harus dilakukan secara hati-hati. Tujuan penggunaan pestisida harus ditekankan untuk menurunkan populasi hama, menghentikan serangan penyakit, dan mengendalikan gulma agar keberadaannya tidak menyebabkan kerugian secara ekonomis atau bisa menekan kehilangan hasil.
Pestisida tidak dimaksudkan untuk menaikan produksi tanaman, tidak pula untuk menyuburkan tanaman. Jika produksi tanaman yang di perlakukan lebih tinggi hasilnya di bandingkan dengan tanaman yang tidak diberi pestisida, hal tersebut merupakan konsekuensi logis. Sebagai contoh jika petak yang tidak mendapatkan aplikasi pestisida sebagian hasilnya hilang karena dirusak OPT, petak yang mendapatkan aplikasi pestisida mengeluarkan hasil yang normal.
Memang ada beberapa bahan aktif pestisida memiliki efek fitotonik seperti pada beberapa senyawa triazole. Namun, efek ini harus dianggap sebagai efek samping saja, bukan tujuan utama penggunaan pestisida. Untuk menghindari atau menekan hal-hal yang tidak diinginkan, penggunaan pestisida pertanian sebaiknya memperhatikan tiga prinsip berikut :